http://www.blender.org/features-gallery/features/

によると、バージョン2.49aでは以下のフォーマットに対応しています。

2Dフォーマット	TGA, JPG, PNG, OpenEXR, DPX, Cineon, Radiance HDR, Iris, SGI Movie, IFF, AVI and Quicktime GIF, TIFF, PSD, MOV (Windows and Mac OS X)
3Dフォーマット	3D Studio, AC3D, COLLADA, DEC Object File Format, DirectX, Lightwave, MD2, Motion Capture, Nendo, OpenFlight, PLY, Pro Engineer, Radiosity, Raw Triangle, Softimage, STL, TrueSpace, VideoScape, VRML, VRML97, Wavefront, X3D Extensible 3D, xfig export

最新のものに関しては要確認。

また、独自にスクリプトを導入することで読み込み・書き出しができるものもあります（Metasequoia,EPSなど）。