Windowsでエクスプローラから.blend ダブルクリック起動した時だけ起きて、Blender起動してからF1で読み込んだ時おきないなら、ファイルの関連付けがおかしい。

エクスプローラの<ツール>-<オプション>メニュー
→[ファイルタイプ]タブを開き、拡張子=「BLEND」を探してクリック。
→[詳細設定]ボタン →アクション=「open」選択 →[編集]ボタン
→[アクションを実行するアプリケーション]で、
"～?blender.exe" "%1"　となっているか確認し、なってなかったら修正する。
（blender.exeの後に半角スペースを挟んで「%1」が有り、どちらも""で囲んであること）

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このFAQはJBDPのFAQを元に作成しました。